主人公は忍者、くの一、始末人で、様々なステージに潜入してボスを倒す。
忍者らしさを追求したリアリティと「忍殺」システムが特徴。
忍殺は敵に見つかる前に攻撃すれば一撃で倒せるが、見つかると通常の戦闘が必要。
ステージ進行は潜入型で、敵に見つからないように進める「メタルギアソリッド」風の要素が強い。
アクションの進化：無駄な動作が削除され、必要な操作が追加されている。
グラフィックが向上しており、背景やキャラクターのリアリティが増している。
独り言が多く、敵や主人公がリアルな独り言を口にする演出が面白い。
必殺仕事人のような独自の必殺技が追加されている。
まぬけな演出：敵や町人がコミカルな動きをすることが多く、ゲームのユーモアの一環。
カメラ操作が難しく、状況によって操作が変わるため、プレイに慣れが必要。
ジャンプ操作が改善され、以前よりも簡単に大跳躍ができるようになった。
ストーリーは薄いが、プレイヤーが自由に忍者としての物語を想像できる。
音楽は前作よりやや劣ると感じるが、主題歌は評価が高い。
死体運びができない点が不便で、敵が死体を発見するリスクがある。
ロード時間が長く、ステージ中のやり直しがしにくい。
忍具の使用や敵との駆け引きがゲームの楽しさを高める。
ステージデザインが単調で、一本道の進行が多い。
奈落に落ちると即死する仕様がストレスを引き起こす。
ボス戦では一部の敵が強力で、戦略が求められる。
シリーズファンにとっては評価が分かれる作品だが、初めてのプレイヤーには新鮮な体験。