廉価版: 2009年12月10日（PSP the Best）、2012年11月1日（廉価版）
ゲームの特徴
リズムに合わせてコマンド入力し、パタポン軍を指揮する独特なゲーム性。
ヒーローパタポンの登場で戦略性が向上。職種や能力を自由にカスタマイズ可能。
新ユニット「とりポン」「ろぼポン」「まほポン」などが追加。
ボリューム増加（90以上のミッション、20体以上のボス、500種類近いアイテム）。
難易度調整が可能（イージーでフィーバー継続、ハードでシビアな判定）。
アドホックモードで最大4人協力プレイが可能。
ミッションごとにステージを繰り返しプレイ可能。アイテム収集のやり込み要素も充実。
ボスがノックバック・睡眠などの状態異常を受けるようになり、戦略性が向上。
倒した敵が高確率でアイテムをドロップするように変更。
パラゲトモード（特定のミッション専用の特殊フィールド）を追加。
Tips画面の収集要素があるが、特定ミッションを一回でクリアすると入手不可。
改善点
前作の問題点（ボスのステータス過剰強化、リズム判定の厳しさなど）が修正。
兵種ごとの個性が強化され、戦略性が向上。
難易度調整機能が追加され、初心者から上級者まで楽しめる設計に。
パタポンが死亡してもクリア後に復活する仕様に変更（戦力低下の影響のみ）。
ボスのステータス強化が控えめになり、代わりに攻撃パターンが増加。
一部の強力なアイテムは、繰り返し攻略することで入手可能に。
難点・問題点
一部のミッションでフリーズが多発するバグあり。
体験版からのデータ引き継ぎが必須の限定アイテム（トノサマちょんまげ）がある。
Vitaでは体験版がプレイできないため、一部の限定アイテムが入手不可能。
超絶望（負け戦）ミッションを自力突破すると、シナリオ整合性が崩れることがある。
固定キャラがやられると即ゲームオーバーになる仕様がストレス要因に。
ミラクルの発動が面倒で、一部のボス戦でテンポが悪くなる。
Tips収集要素にバグがあり、BEST版で修正された。
総評
前作の良い点を継承しつつ、やり込み要素や戦略性を大幅強化した良作。
リズムゲームとRTSの融合が絶妙で、テンポの良いプレイが可能。
パタポンシリーズの中でも特に評価が高く、シリーズ未経験者でも遊びやすい。
細かいバグや限定アイテムの取得条件に難ありだが、ゲーム自体の完成度は高い。
初心者はイージーモードで楽しみ、上級者は高難易度やアイテム収集に挑戦可能。
リズムゲームとしても、RPG要素のある戦略ゲームとしても秀逸な作品。