ジャンルはオーソドックスなRPGで、原作の五代目火影編～サスケ奪還編がベース。
基本的なゲーム進行は「敵を倒して経験値と金を稼ぎ、次のマップへ」。
戦闘は最大6人のパーティ（前衛3人、控え3人）で行い、途中交代可能。
戦闘システムには陣形（前衛・中衛・後衛）による攻防調整要素がある。
忍術や体術の使用にはチャクラをタッチペンで練る必要がある。
キャラクターは通常11人、隠しキャラ9人の計20人が使用可能。
各キャラクターは個別の忍術・体術と専用の成長特性を持つ。
サスケや砂の三人衆など、一度離脱したキャラも再度仲間にできる。
キャラクター固有のボイスや必殺技時のカットイン演出が充実。
RPGとして難易度は程よく調整されており、レベル上げは必須ではない。
店舗が少ないが、進行に応じて品揃えが更新される仕組み。
シナリオが短く、初見でも6～7時間程度でクリア可能。
ダンジョンやボスの種類が少なく、繰り返しが目立つ。
攻撃系汎用忍術の威力が低く、通常攻撃の方が有効になりがち。
効率的なレベル上げが難しく、レベルカンストに非常に時間がかかる。
一部キャラクター（テンテン、シノ、いの、ヒナタ）の仲間化が排他的で両立不可。
隠しキャラのカカシと自来也の入手条件が通信対戦の勝利数依存で難易度が高い。
イタチと大蛇丸など一部の隠し要素は雑誌等の限定配信が必要だった。
通信プレイ後にセーブされない仕様を利用してアイテム量産バグが可能。
「口寄せシート」を使った隠し要素が多数存在（現在はネットで公開済み）。
温泉イベントなどキャラクターとの交流要素があるが、好感度調整が難しい。
グラフィックは背景などが粗く、完成度はやや低い。
エンカウント率が高めで、戦闘のテンポが悪く感じることがある。
武器収集要素はあるが、最強装備が早めに揃い飽きやすい。
合体忍術はあるが終盤で選択肢が固定化されやすい。
タッチ操作による戦闘システムはシンプルすぎて飽きやすい。
戦闘時に技選択のインターフェースが不便で、時間制限戦闘ではロスが生じる。
RPGとしての基本的な完成度やキャラ再現は高く評価されている。
総じてシナリオ短縮や隠し要素の面倒さがあるものの、『NARUTO』ファン向けキャラゲーRPGとしては良作の部類。