基本情報・概要
発売日：2009年4月18日（日本）、前作『時・闇の探検隊』の強化版（マイナーチェンジ）。
対応機種：ニンテンドーDS、開発はチュンソフト、販売は任天堂。
ジャンル：ローグライクRPG、毎回地形が変わるダンジョンを探索。
特徴・ゲームシステム
自分がポケモンになって冒険する、ストーリー中心のRPG。
登場ポケモンは第4世代（DP）までの491種、追加ポケモンあり（シェイミなど）。
5種類の新主人公候補が追加（リオル、イーブイ、ロコン、コリンク、ゴマゾウ）。
プレイ前に性格診断で主人公ポケモンが決定、パートナーは任意選択（制限あり）。
ギルド制の導入で拠点が活気あるコミュニティに、依頼を受けて進行。
DSワイヤレス通信・Wi-Fi通信で救助依頼が可能（※現在はサービス終了）。
専用施設「パッチールのカフェ」や「ひみつのバザー」登場で探索効率アップ。
倉庫やアイテムソート機能が強化されたが制限も追加（最大1000個まで拡張可）。
ストーリーと演出
泣ける展開と評価される完成度の高いストーリー。
Chapter19以降〜エンディングは特に絶賛、ジュプトルやヨノワールが好評。
「魂」や「希望」といった深いテーマを扱っており、大人でも感動できる内容。
追加要素「スペシャルエピソード」では他キャラ視点の物語が語られる。
エンディング後の展開も強化され、主人公とパートナーが引き続き物語に関与。
グラフィック・音楽
DSドット絵を最大限に活かした演出、歩行アニメ＋顔グラフィックも全ポケモン分用意。
BGMの評価が非常に高い、「闇ディアルガ戦」などはシリーズ屈指の人気曲。
「そらのジュークボックス」でBGMを自由に鑑賞可能。
改良点・遊びやすさ
ストレス要素（罠、命中率、操作性）を前作から改善。
仲間加入システムが緩和され、条件が大幅に簡略化。
セーブポイントが複数に増加し、セーブ時間も短縮。
特性やわざの仕様が一部見直されバランス調整（例：連続技の弱体化）。
問題点・賛否両論
一部ポケモン（例：ゴマゾウ）が極端に弱くバランスが悪い。
倉庫の自動ソート廃止・枠制限で整理がやや面倒。
ストーリーの一部がご都合主義的という指摘もある。
ダンジョンによっては理不尽な難易度（例：ゼロのしま）。
依頼での不具合（敵や目的のポケモンが現れないバグ）あり。
伝説ポケモンの扱いに格差（例：パルキアのキャラ性）。
総評
感動的なストーリー・演出・BGMがゲーム性の粗を補って余りある傑作で、シリーズ最高傑作と名高い作品。