ゲームボーイカラー専用
シリーズ4作目にあたるが、他機種版『ぷよぷよ～ん』とは大きく内容が異なる。
ゲームジャンル：落ち物パズル。
特技システム：戦闘中に「SPゲージ」が溜まると特技が使用可能。
特技の獲得：ストーリーモードでは敵を倒すとその周回中のみ使用可能に。チャレンジモードで100％撃破すると恒常的に使用可能。
初心者でも楽しめる：連鎖が苦手でも特技の活用でクリア可能。
登場キャラが豊富：『みんぷよ』＋『ぷよぷよ～ん』のキャラが総登場。
連鎖ボイス搭載：一部キャラのボイスは本作のみ収録。
特技バランスに差あり：一部キャラの技が強すぎる（例：チコの「ガイアキューブ」）。
GBCの制約に配慮した設計：背景やシステムが簡略化され、テンポがよい。
画面の視認性に課題：黒背景でぷよの色がやや判別しづらいという指摘あり。
電池切れ注意：中古品ではセーブ用電池が切れている場合が多い。
携帯機らしいテンポ：据え置き版よりテンポがよく、短時間プレイに向いている。
ストーリー簡素化：据え置き版のようなシリアス路線ではなく、ライトな内容。
周回要素あり：ストーリーモードを繰り返しプレイすることで技を揃えられる。
GBC向けに調整済：全体的に性能や演出が携帯機に合わせて簡略化。
キャラクター性重視：ゲーム内容よりキャラクター同士の掛け合いが魅力。
セーブ可能：バッテリーバックアップ方式（ただし経年劣化あり）。
グラフィックはGBC準拠：ドット絵で可愛らしく仕上げられている。
音楽もGBC向けにアレンジ：チップチューン調で再構成されている。
操作性が軽快：据え置き版と比べて操作応答が良好。
特技ゲー寄り：戦略よりも特技の使いどころが攻略の鍵になる。
CPU戦のステージが固定：敵ごとに特定のステージが割り当てられている。
GBCオリジナル要素あり：技の仕様や取得方法などが据え置きと異なる。
シリーズの入門編として最適：簡略化されたシステムで初心者にも遊びやすい。
音声演出なし：音声はなく、すべてテキスト表示によるやり取り。
携帯性が魅力：持ち運んでどこでも遊べるぷよぷよとして貴重。
市場では希少価値あり：中古価格がやや高騰気味。
ぷよぷよGBCシリーズの集大成的作品：GBCで最後に出たぷよぷよであり、機能も充実している。