基本情報・概要
2006年12月7日発売、バンダイよりリリース。
『ゼーガペイン XOR』の続編で、敵側（ガルズオルム）視点のストーリー展開。
前作とシステムはほぼ共通、ディスクを跨いだクロスディスク対戦が可能。
主人公は記憶を失った「トガ・デュープ」。オリジナルの主人公・トガ・ヴィタールと敵対。
本作のストーリーはアニメ22話以降とつながる形で展開されている。
システム・ゲーム性の変化
前作より難易度が大幅に上昇。
ホーミング弾だけでは通用しづらくなり、プレイに工夫が必要。
出撃ブリーフィングの省略や、作戦目標の表示などUI改善が図られている。
ウィザード（相棒）の性能差が激しく、選択次第で難易度が変化。
敵ゼーガとの戦闘回数が増加し、ガチ戦闘が多い。
実績・やり込み要素
XORと同じくゲーマースコアは500、全解除には高難度ミッションをこなす必要あり。
実績「ランクマスター」は全ステージでSSランク取得が条件で極めて難しい。
エンディングはA～Cの3種類で、ウィザードとの会話や行動で分岐。
実績【NOT】エンディング関連ではカーム編が最難関との報告あり。
パーツ・スキル集めの実績もあり、完全クリアには2周以上が必要。
ゲームバランスと不満点
スピード感や演出面は健在だが、操作性・視界の悪さは前作同様に問題視。
近接攻撃が当たりにくく、防御重視になりがちで爽快感に欠ける。
ロックオンシステムが不安定で、命中精度に難がある。
難易度上昇によって、「面白さ」より「苦行感」が増したとのレビューも多数。
ミッションによってはタイムアタック偏重のスコア評価でストレスが溜まりやすい。
その他の特徴と評価
一部プレイヤーからは「NOT＝プレイヤーに対する否定」と揶揄される。
「慣れても快感に転化しない」「努力が報われないバランス」との辛辣な意見も。
キャラ設定の掘り下げ（特にネモン）は評価されている。
声優・坂本真綾の悪役ボイスが新鮮との声あり。
Xbox Live対戦はほぼ人がいない状態で実質オフ専。
「ゼーガペイン」プロジェクト自体がマイクロソフトとの共同企画のため、360専用。
ガルズオルム陣営の内部描写や会話劇はファンにとって貴重な補完要素。
改善点も見られるが、それ以上に悪化した点が多いとの評価。
アニメの補完作品としては価値ありだが、単体ゲームとしては厳しい評価。
売上は / 前作以下（推定1000本未満） / とされ、完全にマニア向けの1本。