　GB版『メダロット1』のリメイクであり、シナリオはほぼ共通だが、グラフィック・演出・機能面で大幅に強化。
カブト版のパートナーメダロットはメタビー。シナリオ内で会話し、相棒として活躍。
メタビーの台詞や性格がロクショウ（クワガタ版）とは異なるため、プレイ体験が変わる。
モノクロ3DのOPムービーを搭載し、カブト版はメタビー視点の内容に。
主人公の行動にメタビーが突っ込みを入れる等の掛け合いが豊富で、キャラ性を補強。
パートナーメダロットはイベントでも活躍し、物語への没入感を高める。
フェイスグラフィックの導入により、会話シーンの視認性と演出力が向上。
グラフィックはGB版より大幅に進化し、メタビーも公式絵に近い精緻なデザイン。
新規イベントの追加により、メタビーの存在感もより強化されている。
一部のメダロットが通信なしでも入手可能になり、コレクションがしやすくなった。
戦闘中、メダロットの装甲値が各パーツごとに表示され、戦略性がアップ。
戦闘アニメOFF機能を初実装し、テンポの改善に成功。
装備変更画面ではステータス比較が可能になり、使いやすさが向上。
「チーム機能」により、複数のメダロットを一括で呼び出せる。
装甲値が左右に常時表示され、戦況が一目で分かるように。
エンディングではメタビーに関する特別な一枚絵も用意されている。
攻略対象キャラに変化あり。ナエやキララなどヒロインとの関係が掘り下げられている。
悪ガキ三人組のリーダー・イセキも攻略可能になり、ストーリー分岐が広がる。
GB版では購入可能だったラスボスパーツが、今作ではクリア後にしか入手できない。
フィールド画面やBGMはGB版に近く、レトロ感を残している。
BGMはWS音源の影響で劣化と感じる人もおり、評価が分かれる。
メダフォースが未実装のため、攻撃手段を失うと無力になる弱点は据え置き。
通信機能がWSでは限定的で、対戦やパーツ交換が困難。
GB版との互換性なし。初代を持っていても連携不可能。
パーツアイコンの誤表示（多脚→二脚等）など、未修正の細かな問題あり。
240種類すべてのパーツを、カブト・クワガタ両バージョン揃えば入手可能。
戦闘時の時間表示やミニット表示が新要素として追加（後のシリーズにも影響）。
顔グラフィックが戦闘中に表示され、有利不利が一目で分かる（野良戦を除く）。
シリーズ初期作としては完成度が非常に高く、名作とされる。
唯一の難点は、WSという普及しなかったハードで出たこと。名作だが流通量は少ない。